滅菌的方法，通常可以分為加熱滅菌（包括直接灼燒滅菌、干熱滅菌、加壓蒸汽滅菌、間歇滅菌和煮沸消毒）、過濾去菌、射線滅菌和消毒、化學藥劑滅菌和消毒四大類。下面具體講解微生物培養基的滅菌步驟（http://www.johnsonelectric.com.cn/）。
 
l. 干熱滅菌法（即熱空氣滅菌法）
干熱滅菌一般是利用電熱烘箱作為干熱滅菌器。前面所包裝好的玻璃器皿，如帶棉塞的三角瓶，試管、包裝好的吸管、培養皿等，放入電熱烘箱中。
打開烘箱頂部的通氣孔，接上電源加熱，使箱內空氣的溫度達到160℃~170℃，關閉通氣孔使箱內的溫度保持在160℃左右并維持1.5-2h。時間一到，切斷電源。待溫度下降60℃~70℃以下，方可打開箱門取滅菌物品，否則驟冷后易使箱內玻璃儀器破損。
 
2. 加壓蒸氣滅菌法
利用高壓滅菌器，使水的沸點在密閉的滅菌器內隨壓力升高而增高，來提高蒸汽的溫度和滅菌的效率。
在同一溫度下濕熱的殺菌效率比干熱大，因為微生物細胞蛋白質在濕熱情況下，易干凝固。同時濕熱的穿透力強，當水蒸汽與被滅菌的物品相接觸后，便放出汽化潛熱，逐步提高被滅菌物品的溫度，直至與水蒸汽的溫度相等，達到平衡為止，從而提高滅菌效率。
 
3. 間歇滅菌法（http://www.johnsonelectric.com.cn/）
常采用阿諾（Arnold）氏滅菌器和柯赫（Koch）氏滅菌器或蒸籠滅菌，常壓條件下蒸汽溫度不超過100℃。在沒有高壓滅菌器設備的情況下或不宜加壓滅菌的物品，可采用此法滅菌。
方法是：待滅菌物品放在滅菌器或蒸籠里，每d蒸煮1次，每次煮沸lh，連續3d重復進行。在每兩次蒸煮之間，將物品（指培養基）放在37C恒溫條件下培養過夜，這樣可以使每次蒸煮后未殺死的殘留芽孢萌發成營養體，以便下1次蒸煮時殺滅。
 
4. 過濾除菌法
一些不能加熱滅菌的液體物質（如維生素、血清），可以用過濾除菌法，一般用細菌過濾器進行除菌。
細菌過濾器中的過濾板常用陶瓷、硅藻土或石棉等做成，過濾板孔眼很小，細菌不能通過。因此，過濾后的液體就除去了細菌。在進行過濾除菌前，整個細菌過濾器和接受液體的器皿，必須要包裝妥當并進行加壓蒸汽滅菌后方可使用。
 
5. 紫外線滅菌（http://www.johnsonelectric.com.cn/）
波長260~280nm之間的紫外線有很強的殺菌能力，一般紫外燈管能產生253.7nm的紫外光，殺死力強而穩定，但穿透力弱一般只適宜物體表面、空氣滅菌。例如接種室、培養室、手術室、藥廠包裝室等空氣滅菌。一般30w燈管、9m3空間，距地面2m每次打開紫外線照射0.5h，就使室內空氣滅菌。若照射紫外線時，先噴灑石碳酸等化學消毒劑，可增強滅菌效果。
在進行微生物接種和分離等操作時，常須用紫外線來殺滅接種室（箱）空氣、臺面等處的微生物。
紫外線雖有較強的殺菌力，但穿透力較弱，即使一薄層玻璃或水層就能將大部分紫外線濾除，因此只適用于空氣及表面殺菌。
紫外線對眼粘膜及視神經有強烈的損傷作用，對皮膚有刺激作用，所以不能直接在紫外線燈開啟下工作和用眼睛直視開啟的紫外燈。
 
6. 化學藥劑消毒滅菌
微生物實驗室中常用的化學殺菌劑有升汞、甲醛、高錳酸鉀、酒精、碘酒、龍膽紫、石炭酸、漂白粉、新潔爾滅、煤酚皂溶液，它們有的是殺菌劑，有的是抑菌劑。

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